Chi cục Thủy sản và Biển đảo được thành lập theo Quyết định số 0576/QĐ-UBND ngày 31/7/2025 của UBND tỉnh Đắk Lắk, trên cơ sở hợp nhất Chi cục Thủy sản tỉnh Đắk Lắk và Chi cục Thủy sản tỉnh Phú Yên; tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ phòng, chống dịch bệnh thủy sản từ Chi cục Chăn nuôi và Thú y; tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ quản lý tổng hợp tài nguyên biển, hải đảo của Chi cục Bảo vệ môi trường và Biển, Hải đảo tỉnh Phú Yên.
Chi cục Thủy sản và Biển đảo là tổ chức hành chính thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường. Chi cục Thủy sản và Biển đảo giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường thực hiện chức năng tham mưu Ủy ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về thủy sản, kiểm ngư, phòng chống dịch bệnh thủy sản và quản lý tổng hợp tài nguyên biển, hải đảo trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật. Chi cục Thủy sản và Biển đảo chịu sự chỉ đạo, quản lý của Sở Nông nghiệp và Môi trường; đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Cục Thủy sản và Kiểm ngư; Cục Biển và Hải đảo; Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường; đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của các đơn vị liên quan thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
- Trụ sở làm việc của Chi cục:
+ Trụ sở chính đặt tại số 49 Nguyễn Tất Thành, phường Tân An, tỉnh Đắk Lắk;
+ Cơ sở 2 đặt tại số 73 Phạm Ngọc Thạch, phường Tuy Hòa, tỉnh Đắk Lắk.
- Tập thể lãnh đạo Chi cục:

Chi cục trưởng: Đào Quang Minh (thứ 5 từ trái qua)
Phó Chi cục trưởng: Nguyễn Văn Hòa (thứ 1 từ trái qua)
Phó Chi cục trưởng: Nguyễn Văn Thảo (thứ 2 từ trái qua)
Phó Chi cục trưởng: Trịnh Bá Sơn (thứ 3 từ trái qua)
Phó Chi cục trưởng: Lê Đức Tuồng (thứ 6 từ trái qua)
Phó Chi cục trưởng: Nguyễn Hoàng Tuân (thứ 7 từ trái qua)
(Ông Nguyễn An Phú, Phó Giám đốc Sở (thứ 4 từ trái qua) trao các Quyết định bổ nhiệm Lãnh đạo Chi cục sau hợp nhất)