Chi cục Thủy sản và Biển đảo được thành lập theo Quyết định số 0576/QĐ-UBND ngày 31/7/2025 của UBND tỉnh Đắk Lắk, trên cơ sở hợp nhất Chi cục Thủy sản tỉnh Đắk Lắk và Chi cục Thủy sản tỉnh Phú Yên; tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ phòng, chống dịch bệnh thủy sản từ Chi cục Chăn nuôi và Thú y; tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ quản lý tổng hợp tài nguyên biển, hải đảo của Chi cục Bảo vệ môi trường và Biển, Hải đảo tỉnh Phú Yên.